Si l’utilisation des pesticides est souvent jugée incontournable par les professionnels, la question de la présence de résidus de pesticides dans les vins est une autre question, car elle touche exclusivement à la garantie sanitaire des produits proposés aux consommateurs. La réglementation européenne impose des limites maximales de résidus (LMR) pour le raisin de cuve mais pas de façon explicite pour le vin, produit transformé. Il existe certaines initiatives privées, des labels pour des molécules particulières
La plupart des vins présents sur le marché contiennent des résidus de pesticides qui sont détectables, mais souvent à un niveau infinitésimal. Il reste que le seuil acceptable pour des certifications reste à définir, ce qui est délicat pour des produits perturbateurs même à très faible dose. Par ailleurs, la question des métabolites (fragments de molécules utilisées à la vigne et résiduels dans le vin ), est encore assez peu explorée au niveau scientifique et réglementaire.