Aunque los profesionales suelen considerar que la utilización de pesticidas es ineludible, la presencia de residuos de pesticidas en los vinos es otra cuestión que afecta exclusivamente a la garantía sanitaria de los productos vendidos a los consumidores. La reglamentación europea impone límites máximos de residuos (LMR) para la uva de vinificación, pero no de manera explícita para el vino, aparte de ciertas iniciativas privadas para algunas moléculas.
La mayoría de los vinos presentes en el mercado contienen residuos de pesticidas que son detectables, aunque solo a nivel infinitesimal. El umbral aceptable para las certificaciones está por definir, lo que resulta delicado cuando se trata de la presencia de productos perturbadores, incluso a dosis bajas. Además, la cuestión de los metabolitos (moléculas reconstituidas a partir de las moléculas utilizadas), que son a veces más tóxicos que las moléculas iniciales, todavía no se ha explorado lo bastante a nivel científico y reglamentario.
